Em meados do século XIX, a região que compreende o bairro do Limão e adjacências não passava de um vasto terreno ocupado por sítio e chácaras. Esta região começou a ser habitada pelos antigos colonos da Freguesia do Ó. Nessa época, contam que foi encontrado um pé de limão bravo bem na divisa dos dois bairros, daí o nome de Bairro do Limão.

          Antes de ser loteado, já existia alguns sítios no local, mas foi somente em 1921, que uma empresa imobiliária, a Matheus Bei, o loteou. Na década de 30, entretanto, é que se intensificou a instalação das primeiras famílias no bairro, dentre elas, as do: Coronel Tristão, Siqueira; Penteado, Pedroso, depois vieram as famílias Primon, Gios, Cavallini, de Morais, Mendes de Oliveira, Figueiredo, Apolinário, Cápua.

          O desenvolvimento do bairro chegou na época do governo Jânio Quadros, quando a Prefeitura Municipal deu seu primeiro impulso rumo ao progresso. O bairro passou a ter características próprias de urbanização, como a instalação de rede de água e asfalto da principal via de acesso da cidade à Avenida Tomás Edson, antiga “Estrada do Caminho do Porto”.

          Nessa época, impulsionada pelas indústrias, São Paulo crescia e o bairro do Limão também. Foi assim que o bairro começou a ganhar novos ares. Várias casas, olarias e uma estrada de terra começaram a aparecer na década de 30. Em 1935 chegou a primeira linha de ônibus que saia da Barra Funda e ia até a Vila Santa Maria.

          Pela lei 8.092, de 28 de fevereiro de 1964, o Limão passou a ser o 44º subdistrito do município de São Paulo, mas foi instalado somente em 17 de janeiro de 1965. A área  deste distrito é de aproximadamente 5 quilômetros quadrados e abrange vários bairros como: Vila Munhoz, Vila Barbosa, Vila Carbone, Vila Carolina, Vila Cristo Rei, Vila Diva, Vila Espanhola, Jardim das Graças, Vila Itapeva, Bairro do Limão, Sítio do Morro, Jardim Pereira Leite, Vila Prado, Jardim Primavera, Vila Santa Cândida, Vila Santa Maria, Parque São Luís e Vila Siqueira. O mais antigo do distrito é a Vila Santa Maria, que surgiu em 1930. Os demais surgiram nas décadas de 50 e 60.

          Hoje o Limão é uma região de classe média e com grande atividade industrial.